卢永根祖籍广州花都，1930年出生于香港。1941年，就在卢永根读小学六年级的时候，香港沦陷，卢永根被父亲送回乡下。在乡下时，卢永根目睹日军凶残，也体会到战争对人民生活的影响。在乡下待了近两年后，卢永根返回香港读中学。

对祖国深沉的爱，贯穿卢永根的一生。卢永根常把法国科学家巴斯德的名言挂在嘴边：“科学无国界，但科学家有自己的祖国。”